La fédération se fonde sur des associations locales d’étudiant.e.s en géographie. Chaque association qui adhère à l’AFNEG contribue à la vie de la structure, par plusieurs instances décisionnaires :
- Le Conseil d’Administration (CA)
Le Conseil d’Administration regroupe les associations administratrices et le Bureau National de l’AFNEG en moyenne quatre fois par an. Il a pour fonctions d’informer les administrateurs de l’actualité de la fédération et des activités du Bureau National, de définir les orientations de l’AFNEG, et de statuer sur des décisions relatives à l’évolution générale de la fédération.
- L’Assemblée Générale Ordinaire (AG)
L’Assemblée Générale Ordinaire regroupe elle aussi les associations administratrices et le Bureau National de l’AFNEG, mais aussi les associations observatrices. Elle n’a lieu qu’une fois par an au Congrès. C’est à cette occasion qu’un bureau national quitte ses fonctions, et qu’une nouvelle équipe est élue.
Élu pour un an le Bureau National regroupe des étudiant.e.s en géographie ou disciplines territoriales. Il est chargé d’appliquer la politique générale votée par le conseil d’administration, dont découlent toutes les actions de la fédération sur au moins l’année du mandat. Il représente la fédération auprès de ses partenaires et des institutions.